一世を風靡した感のある「スーパーシンジ逆行物」ですが、
皆さんのお勧めはなんでしょうか？
私的には「補完物語＠シンジ」が印象に残っています。
この手の作品のはしりですしね。
新旧問わず、お勧めを教えて下さいね。

　私が薦めるのは３つあります。
　一つ目はＡｎｎｅさんのＨＰ、Ｇｒｅｅｎ　Ｇａｂｌｅｓにある「エヴァンゲリオンｍｅｎｔｈｏｌ」です。激動の１年を何度も繰り返して体験したシンジ（ついにゲンドウより精神年齢は年上）で自分と多くの関係した女性達のために戦います。ギャグ物、ＬａｌｌＳです。でも最近更新がな〜〜〜（笑）
　二つ目は神代さんのＨＰ、Ｌｕｓｔｅｒにある螢惑さんの投稿作品「Ａｕｒｏｒａ　Ａｐｏｓｔｌｅ」です。シリアス逆行、第二機関物、ＬＲＳでネルフに対抗して設立された「Ａｕｒｏｒａ」で逆行したシンジとその協力者の大人達が人類補完計画を阻止するため裏で、表で奮闘しています。設定が不確定痴話ごとの容量が大きいので読み応えがあります。
　三つ目は気違い帽子屋というＨＰにある、ＷＡＳＴＥさんの「Ａｌｌ’ｓ　Ｒｉｇｔｈ　Ｔｈｅ　Ｗｏｒｌｄ」です。謎の人物に鍛えられて見違えるように逞しくなったシンジ君がネルフをちゃかしつつ使徒戦を戦います。軽いノリで読みやすいです。ただ今んと頃はカップリングははっきりしません（レイかアスカだとは思うんですけど）

私は5つほど選んでみました。

｢Excel''s Individual Room｣にあるとりもちさんの投稿作品『リターン』
http://www.ksky.ne.jp/~excel/Individual/Eva/
私もいろんな逆行物読んできましたが、ここまで後先考えて色々工作するシンジ君とお**で外道なゲンドウという組み合わせはなかったですね。かなり好みの話です。

｢Dark Night ofThe Fairbanks｣にあるファルさんの『Back to Begining』
これは4歳まで逆行したシンジの話。何がすごいって、帰って来て早々ゲンドウを補完しちゃうことでしょうか。

｢自由なる風 〜for eternal wind〜｣にあるフリーウィンドさんの『時を遡りし者へ』
http://members.jcom.home.ne.jp/freewind/ss/
サードインパクト後、シンジは初号機娘神楽時雨と共に逆行する。後に仲間になるレイと元イロウルのイリア＝イリウスと一緒になって大人達をおちょくってます。

｢何も無い場所｣にあるkeiさんの投稿作品『全知にして無知なる者』
シンジ・レイ・アスカ逆行？LaS作品です。ココのシンジは記憶喪失になってるので他のスーパーシンジ逆行物と違ってかなり謙虚です。

｢ほのかぐつち｣にあるRagさんの記念小説『マナちゃんの独り言』
http://isweb9.infoseek.co.jp/play/honokagu/
題名見たら分かりますが甘々なLMSです。サードインパクトにより神になったシンジが平行世界のマナに取り憑いてます。

こうやって見ると、たくさんありますね。
読んだことのあるものが多かったですが、
読み返してみると楽しかったです。
ここにないもので、スニフさんの「世界の果てまで」なんかも
ほのぼのしてて私は好きですね。
そう言えば、「補完物語＠シンジ」は、
逆行とは言えないかもしれませんね。
間違ってたらごめんなさい。

別に間違ってはいないと思いますよ。

第１部：再構成スーパーシンジ物
第２部：逆行スーパーシンジ物
第３部：再構成スーパーシンジ物＋逆行物要素（有り得たかもしれない
未来の記憶）

ですから、第２部の『Guardian Angel』だけなら完全に逆行物ですね。
＃第３部は更新が続いていますが、個人的には第２部の続きが欲しい(^^